Kleiner Beitrag aus der Selbsthilfeecke:

Wenn eine App bei einem Sqlite3 Zugriff „unreadable database“ von sich gibt, dann liegt das vermutlich daran, daß der User der Datenbank, in dem Fall ist das die UserID der Anwendung, welche die Datenbank nutzen will, keine Schreibrechte … und jetzt kommts .. auf dem Verzeichnis hat, wo das Datenbankfile liegt.

[root synapse]# ls -la /etc/synapse/
insgesamt 2048
drwxrwxr-x 3 synapse synapse 4096 12. Feb 11:38 .
drwxr-xr-x 133 root root 12288 12. Feb 11:31 ..
-rw-r--r-- 1 synapse synapse 1654784 12. Feb 11:38 homeserver.db

Die Lösung ist also fix gemacht:

cd /path/to/database
chgrp appusergroup .
chmod g+w .

und schon geht es wieder.

Wer sich jetzt noch fragt, was Synapse ist: Ein MatrixServer